El santuario de la decapitación de Juan el Bautista se encuentra en el Monasterio Latino de Mádaba. La iglesia está construida en la zona del cerro, donde existió un antiguo castillo cuyas raíces se remontan a las antiguas épocas y civilizaciones que pasaron por el lugar, desde la civilización moabita hasta la romana y finalmente la bizantina. Los clanes cristianos llegaron a Mádaba en 1880 y, en ese año, consistía en ruinas de piedras apiladas unas sobre otras, por lo que comenzaron a construir casas y una iglesia que fue llamada Iglesia de la Decapitación de Juan Bautista, por su cercanía al lugar donde Juan el Bautista fue decapitado en el castillo de Maqueronte.
La zona de Tell en Mádaba se considera una de las zonas arqueológicas más antiguas de Mádaba y, de hecho, representa el centro de la ciudad vieja. En este cerro existió un antiguo castillo (Acrópolis) sobre el cual las raíces de su construcción se remontan a las antiguas épocas y civilizaciones que pasaron por el lugar desde la civilización moabita hasta la romana y finalmente la bizantina, antes de que la ciudad fuera golpeada por un gran terremoto en el año 746 d.C., que convirtió la ciudad en un montón de piedras.
Cuando los clanes cristianos llegaron en 1880 a Khirbet Mádaba acompañados por el sacerdote italiano Iskandar Makanio, encontraron un montículo de piedras apiladas unas sobre otras. Los sacerdotes trabajaron para asentar a los clanes cristianos en Mádaba, quienes a su vez comenzaron a construir sus casas e iglesias, para devolverle la vida a la ciudad, después de que fuera destruida y quedado sin vida.
La primera iglesia fue construida durante el reinado del sacerdote italiano Paolo (Pablo) Bandoli en 1883, que era un edificio modesto de piedra y barro. Luego, en 1892, el sacerdote italiano Giuseppe (José) Manfredi construyó una iglesia más moderna que constaba de dos habitaciones, hasta que pudo obtener un firman para construir la iglesia actual en 1913, que se considera una obra maestra única con su arquitectura distintiva.
La iglesia fue construida sobre el antiguo cerro de la ciudad y, hoy en día, el visitante puede visitar la iglesia, llamada Iglesia de la Decapitación de Juan Bautista, por su cercanía al lugar donde Juan el Bautista fue decapitado en el castillo de Maqueronte. Al descender las escaleras que conducen al pie de la iglesia, el visitante puede observar las ruinas del antiguo castillo bizantino, que sirvió de base para la construcción del monasterio y la iglesia. Las ruinas son columnas y arcos; además, después de realizar excavaciones en esa zona, se descubrió un pequeño trozo de mosaico blanco, así como un canal de agua, un suelo de piedras lisas y embaldosadas y partes de los cuadros del antiguo castillo.
El lugar es rico en antigüedades enterradas bajo el suelo, que aún no se han descubierto. Necesita especialistas y misiones de excavación científica para excavar utilizando métodos científicos modernos, a fin de garantizar la seguridad de la construcción de la iglesia y el monasterio antiguos.