A região montanhosa de Madaba é considerada uma das áreas arqueológicas mais antigas de Madaba, assim como o centro da cidade velha. Nesta colina, havia uma antiga cidadela (Acrópole) cujas origens remontam às antigas civilizações que viveram na região, da civilização moabita até à romana e, por fim, até à bizantina, antes do terramoto de 746 d.C. que transformou a cidade num monte de pedras.

Quando os clãs de cristãos, acompanhados pelo padre italiano Iskandar Makanio, chegaram às ruínas de Madaba, em 1880, só havia um monte de pedras empilhadas no local. Os padres trabalhavam para estabelecer os clãs de cristãos em Madaba, os quais, por sua vez, começaram a construir as suas casas e igrejas, para trazer vida de volta à cidade, que estava destruída e desabitada.

A primeira igreja foi construída no tempo do padre italiano Paolo (Paulo) Bandoli, em 1883. Era um imóvel modesto de pedras e barro. Depois, em 1892, o padre italiano Giuseppe Manfredi construiu uma igreja mais moderna, composta por dois ambientes, até conseguir construir a atual igreja, em 1913, que é considerada uma obra-prima única com uma arquitetura distinta.

A igreja foi construída sobre uma colina histórica. Os visitantes que passarem pela cidade podem visitar a igreja que recebeu o nome de Igreja da Decapitação de João Batista, devido à sua proximidade com o local em que João Batista foi decapitado na fortaleza de Maquero. Ao descer as escadas que conduzem ao fundo da igreja, o visitante pode avistar as ruínas da antiga fortaleza bizantina, cujas colunas e arcos serviram de base para a construção do mosteiro e da igreja. Após a realização de escavações no local, foram encontrados um pequeno pedaço de mosaico branco, uma tubulação hidráulica, um piso de pedras e partes das antigas pinturas do castelo.

O local possui um solo rico em antiguidades que ainda não foram descobertas, o que requer o trabalho de especialistas e o uso de métodos científicos modernos, a fim de garantir a segurança dos antigos edifícios da igreja e do mosteiro.